La escuela que lleva por nombre INSTITUTO MARGIL, se incorporó a la Universidad Autónoma de Aguascalientes el 19 de septiembre de 1972 en la educación secundaria, ya que anteriormente se consideraba media superior, sin embargo a partir de la reforma educativa realizada en el 2005, se desincorpora en el mes de junio de dicho año. Quedando solamente la educación preparatoria, la cual se incorporó poco antes el 10 de marzo de 1972. Su ubicación en Fray Margil de Jesús s/n en el municipio de Aguascalientes; Aguascalientes. El Fondo del Instituto Margil, está compuesto por libros de actas de calificaciones que contienen datos tales como: los nombres de los diferentes alumnos que han cursado sus estudios en esta escuela a partir de su incorporación hasta la desincorporación de la secundaria; las materias impartidas y el nombre del profesor, así como las calificaciones finales de cada semestre, y firma de los maestros titulares de la materia y/o el director, según la fecha del acta expedida por la escuela. En el fondo se encuentran los expedientes de alumnos, los cuales contienen el historial académico. También contienen la documentación de los procesos administrativos, correspondencia, listados y registros que muestran la vida académica y el desarrollo de la institución. La documentación existente en el fondo de la escuela Instituto Margil, se encuentra dentro de los 73 metros lineales que conforman en su totalidad el acervo perteneciente a las escuelas incorporadas en nuestra Institución.